Возможно, кто-то сталкивался с такой ситуацией... подскажите как на практике всё это осуществляется?
Заплатили госпошлину, а после оплаты отказались от идеи подачи в суд иска.

Теоретическая часть понятна, она разъяснена в Информационном письме Президиума ВАС РФ.

Вопрос такой куда обращаться в Арбитражном суде г. Москвы?
В канцелярию?? но ведь номера дела нет! Там сразу завернут...