Не знаю как заставить 1С отдельно их нумеровать но обычно в программах можно руками номера фиксировать...
Для инвентарных объектов в обычной последовательности например
...
7
8
9
...
а забалансовым объектам присваивать на несколько порядков дальше чтобы программе не мешать
2100001
2100002
2100003
При обозначении на реальных объектах впереди приписывать буковки чтобы номер превратить в индекс что то вроде
ЗАБ210001
ЗАБ210002
ЗАБ210003
Тогда это уже никак не будет являться порядковым номером и проверяющим мешать не будет...
Кстати 1С позволяет вести несколько баз, раз уж вы хотите вести дополнительный собственный учет не предусмотренный инструкцией то никто не заперещает вести его в отдельной базе...
Интересно как вы номера на флешках шкарябаете?