Если за прошлый период необоснованно завышена работнику зарплата (незначительно - до 1000 руб.) - НДФЛ, ПФ, ЕСН начислены.
Организация на ЕНВД, поэтому расходы по оплате труда для целей налогообложения не имеют значения.
Можно не пересчитывать и не удерживать в текущем месяце, а оставить всё как есть - чем это может грозить в будущем? Всего такие завышения выявлены по трём работникам.