1) Не знаю, может, что-то у вас не заполнено..? Спрошу, так как в принципе это важно. Вопрос к вам. В справочнике Сотрудники в карточке каждого чел-ка, по которому проводились записи документами "Начисление з/пл", на всех ли закладках стоит всё что надо: оклад, счет затрат (или в документе Начисление счет затрат ставите?), что сотрудник -резидент, что трудовые отношения установлены..., да? Вычеты, если надо, д.б.введены, и указано,
с какой даты они действуют (ну, это только для НДФЛ)

. Если делаете прием через кадровые док-ты, то галки в основном сами подставляются, где надо. А вот, просто завести карточки персонала, и руками включить людей в нач.док-т - маловато. По каждому сотруднику формируется история значений. Пр-ма 1С к этому очень чувствительна. Если всё было сделано неудачно, в несколько заходов, разными днями, то что-то обязательно "не срастется". И закрытие месяца не отработает. И налоги (страх.взносы) не начислятся.
2) Может, вам просто релиз надо обновить. Поищите на сайте
www.Buh1c.ru, какой номер релиза сейчас действующий, именно по вашей конфигурации. У меня сейчас 1С_Подрядчик строит-ва, там своя нумерация релизов. Поэтому не подскажу. Проверьте внимательно, и всех благ.