Ну, теперь стало понятно, в чем "старая" девушка провинилась.
Да, надо было по ст.145 отказаться от обязанностей плательщика НДС. Зачастую бухгалтеры не знают или боятся

это сделать.
В текущей ситуации Вам остается только два варианта:
1) найти заявление об отказе от НДС, своевременно поданное в ИФНС,
2) уплатить недоимку по НДС, а также пени и штрафы.
Во втором варианте мне кажется разумным пойти в суд, т.к. он может снизить размер штрафов.
А чтобы такого не было - надо профессионалов нанимать.
Девушку, ИМХО, Вам наказать не удастся, хотя, если то что Вы написали было именно так, то есть за что.